檢測snp多態(tài)性的方法(SNP檢測方法)
1.SNP檢測方法有哪些
但不管哪一種方法，首先必須進(jìn)行靶序列的擴(kuò)增，然后才能進(jìn)行其它檢測。
傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù)，如DNA測序、限制性酶切片段長度多態(tài)性（RFLP）、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）、等位基因特異 的寡聚核苷酸雜交（ASO）等。這些技術(shù)雖在某種程度上能完成對SNP的檢測，但由于它們必須通過凝膠電泳進(jìn)行檢測，因此，距快速、高效、自動化的目標(biāo)還 相差甚遠(yuǎn)。
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分，測序技術(shù)既費(fèi)時(shí)費(fèi)力，又不易實(shí)現(xiàn)自動化，而且DNA鏈的二級結(jié)構(gòu)還容易造成人工假相，使測序結(jié)果出現(xiàn) 偏差，不適宜于SNP的檢測；SSCP則很難滿足自動化的需要，難以大規(guī)模開展工作。因此，這些方法均未被廣泛采用。
DNA芯片技術(shù)是近年來新開發(fā)的一種DNA序列變異檢測工具。DNA芯片（DNA chip），也稱生物芯片（biochip），其大小與計(jì)算機(jī)上的CPU芯片相似，約1 cm2或更大些，以玻璃、硅、聚丙烯等作 為載體基片，芯片上鋪了一層肉眼看不見的DNA纖維“地毯”，即具有特定堿基序列的探針。
待測基因經(jīng)提取后，被切成長短不一的片段，經(jīng)熒光化學(xué)物質(zhì)標(biāo)記 后，注射到嵌有芯片的載片上。
2.什么是SNP SNP怎么檢測
SNP，即單核苷酸多態(tài)性，這種人類最常見的可遺傳變異占據(jù)了所有已知多態(tài)性的90%以上，因此作為研究個體對不同疾病的易感性或者個體對特定藥物的不同反應(yīng)有著重要的意義，也因此國際人類基因研究學(xué)會花費(fèi)大量的資金來完成人類單體型圖譜。
SNP分析從根本上來說其實(shí)就是確定一對染色體的每種基因的兩個拷貝，哪種點(diǎn)突變在這兩個拷貝中存在，因此利用定量PCR方法，并配合芯片技術(shù)可以快速靈敏的檢測到SNP結(jié)果。ABI號稱有數(shù)以千記的定量PCR試劑盒，自然在這方面也不會留下空白，TaqMan SNP Genotyping Assays包含了一百萬的HapMap SNPs（人類單核苷酸多態(tài)性圖譜SNPs），方便SNP分型高通量研究。
傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù)，如DNA測序、限制性酶切片段長度多態(tài)性（RFLP）、單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）、等位基因特異 的寡聚核苷酸雜交（ASO）等。這些技術(shù)雖在某種程度上能完成對SNP的檢測，但由于它們必須通過凝膠電泳進(jìn)行檢測，因此，距快速、高效、自動化的目標(biāo)還 相差甚遠(yuǎn)。
傳統(tǒng)的RFLP只能檢測到SNP的一部分，測序技術(shù)既費(fèi)時(shí)費(fèi)力，又不易實(shí)現(xiàn)自動化，而且DNA鏈的二級結(jié)構(gòu)還容易造成人工假相，使測序結(jié)果出現(xiàn) 偏差，不適宜于SNP的檢測；SSCP則很難滿足自動化的需要，難以大規(guī)模開展工作。因此，這些方法均未被廣泛采用。
3.snp標(biāo)記怎樣判斷有具備多態(tài)性
SNP是分布在動物基因組中非常常見的一種分子標(biāo)記。在人體中每1000bp就可能有一個SNP。需找SNP的目的是為了做連鎖分析，在現(xiàn)在先進(jìn)的技術(shù)里，還可以做全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）。
然后說說標(biāo)簽SNP，這個涉及到單倍型的問題（對單倍型稍微講解一下！三個SNP假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，但不是說這些突變在單倍體染色體上里是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT，另一條是CCA）。因?yàn)樵诨蚪M中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個區(qū)域可大可小，組成一個單倍型框，在區(qū)域里也會存在多多少少的SNP。人們沒有必要把這些SNP都找出來，因?yàn)樗鼈兺拖袷抢壴谝黄鸬摹Ｓ谑菑闹羞x出一個代表性的SNP，它可以反映這個區(qū)域的情況。然后就方便人們繼續(xù)做關(guān)聯(lián)分析！繼人類基因組計(jì)劃之后，還做了單倍型的圖譜。這也是標(biāo)簽SNP的應(yīng)用。講的夠清楚吧，呵呵……希望理解，謝謝。
4.基因多態(tài)性的主要檢測方法有哪些
1.限制性片段長度多態(tài)性（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）：由DNA 的多態(tài)性，致使DNA 分子的限制酶切位點(diǎn)及數(shù)目發(fā)生改變，用限制酶切割基因組時(shí)，所產(chǎn)生的片段數(shù)目和每個片段的長度就不同，即所謂的限制性片段長度多態(tài)性，導(dǎo)致限制片段長度發(fā)生改變的酶切位點(diǎn)，又稱為多態(tài)性位點(diǎn)。最早是用Southern Blot/RFLP方法檢測，后來采用聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）與限制酶酶切相結(jié)合的方法。現(xiàn)在多采用PCR-RFLP法進(jìn)行研究基因的限制性片段長度多態(tài)性。
2.單鏈構(gòu)象多態(tài)性（SSCP）：是一種基于單鏈DNA構(gòu)象差別的點(diǎn)突變檢測方法。相同長度的單鏈DNA如果順序不同，甚至單個堿基不同，就會形成不同的構(gòu)象。在電泳時(shí)泳動的速度不同。將PCR產(chǎn)物經(jīng)變性后，進(jìn)行單鏈DNA凝膠電泳時(shí)，靶DNA中若發(fā)生單個堿基替換等改變時(shí)，就會出現(xiàn)泳動變位（mobility shift），多用于鑒定是否存在突變及診斷未知突變。
5.snp標(biāo)記怎樣判斷有具備多態(tài)性
SNP是分布在動物基因組中非常常見的一種分子標(biāo)記。
在人體中每1000bp就可能有一個SNP。需找SNP的目的是為了做連鎖分析，在現(xiàn)在先進(jìn)的技術(shù)里，還可以做全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）。
然后說說標(biāo)簽SNP，這個涉及到單倍型的問題（對單倍型稍微講解一下！三個SNP假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，但不是說這些突變在單倍體染色體上里是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT，另一條是CCA）。因?yàn)樵诨蚪M中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個區(qū)域可大可小，組成一個單倍型框，在區(qū)域里也會存在多多少少的SNP。
人們沒有必要把這些SNP都找出來，因?yàn)樗鼈兺拖袷抢壴谝黄鸬摹Ｓ谑菑闹羞x出一個代表性的SNP，它可以反映這個區(qū)域的情況。
然后就方便人們繼續(xù)做關(guān)聯(lián)分析！繼人類基因組計(jì)劃之后，還做了單倍型的圖譜。這也是標(biāo)簽SNP的應(yīng)用。
講的夠清楚吧，呵呵……希望理解，謝謝。
6.SNP基因分型的常見方法有哪些
SNP基因分型的常見方法有如下幾種：
1. TaqMan探針法 針對染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和TaqMan探針，進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增。探針的5'-端和3'-端分別標(biāo)記一個報(bào)告熒光基團(tuán)和一個淬滅熒光基團(tuán)。當(dāng)溶液中存在PCR產(chǎn)物時(shí)，該探針與模板退火，即產(chǎn)生了適合于核酸外切酶活性的底物，從而將探針5'-端連接的熒光分子從探針上切割下來，破壞兩熒光分子間的PRET，發(fā)出熒光。通常用于少量SNP位點(diǎn)分析。
2.SNaPshot法 該技術(shù)由美國應(yīng)用生物公司（ABI）開發(fā)，是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項(xiàng)目。在一個含有測序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點(diǎn)5'-端的不同長度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中，引物延伸一個堿基即終止，經(jīng)ABI測序儀檢測后，根據(jù)峰的移動位置確定該延伸產(chǎn)物對應(yīng)的SNP位點(diǎn)，根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對于PCR產(chǎn)物模板可通過多重PCR反應(yīng)體系來獲得。通常用于10-30個SNP位點(diǎn)分析。
3.HRM法 高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實(shí)時(shí)監(jiān)測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的結(jié)合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點(diǎn)、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區(qū)分不同SNP位點(diǎn)與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點(diǎn)與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨率熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設(shè)計(jì)探針，操作簡便、快速，成本低，結(jié)果準(zhǔn)確，并且實(shí)現(xiàn)了真正的閉管操作。
4.Mass Array法 MassARRAY分子量陣列技術(shù)是Sequenom公司推出的世界上領(lǐng)先的基因分析工具，通過引物延伸或切割反應(yīng)與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術(shù)相結(jié)合，實(shí)現(xiàn)基因分型檢測。基于MassARRAY平臺的iPLEX GOLD技術(shù)可以設(shè)計(jì)最高達(dá)40重的PCR反應(yīng)和基因型檢測，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)靈活，分型結(jié)果準(zhǔn)確性高。根據(jù)應(yīng)用需要，對數(shù)十到數(shù)百個SNP位點(diǎn)進(jìn)行數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測時(shí)，MassARRAY具有最佳的性價(jià)比，特別適合于對全基因組研究發(fā)現(xiàn)的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，或者是有限數(shù)量的研究位點(diǎn)已經(jīng)確定的情況。
5.Illumina BeadXpress法 采用Illumina公司的BeadXpress系統(tǒng)進(jìn)行批量SNP位點(diǎn)檢測，可以同時(shí)檢測1-384個SNP位點(diǎn)，往往用于基因組芯片結(jié)果確認(rèn)，適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復(fù)性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點(diǎn)，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測篩選速度，在高通量篩選時(shí)可顯著降低成本。
