電泳檢測(cè)rna的方法(如何檢查提取的總RNA的完整性)
1.如何檢查提取的總RNA的完整性
對(duì)少量樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠變性電泳，樣品應(yīng)有清晰完整條帶，無彌散。不同物種總RNA條帶不同，在網(wǎng)上可以查到相關(guān)對(duì)照。另外，個(gè)別物種如某些昆蟲，提取方法不同，RNA完整性亦不同。
具體方法，一般情況下取0.5ugRNA樣品，補(bǔ)水至總體積約3~10ul，以4、5uL為佳。加入適量loading buffer及EB（或其他染色劑）混合。按照RNA樣品種類不同配置1.3%~1.7%濃度的瓊脂糖凝膠。緩沖液配方網(wǎng)上可查。進(jìn)行電泳。并在紫外燈下觀察條帶。
全程保證無RNA酶環(huán)境，且越長(zhǎng)的RNA分子越容易降解，可依次判斷您的總RNA樣品完整性。
2.RNA的提取方法步驟及原理.
RNA抽取一般使用Trizol法抽提：
Trizol是一種總RNA抽提試劑，內(nèi)含異硫氰酸胍等物質(zhì)，能迅速裂解細(xì)胞，抑制細(xì)胞釋放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法進(jìn)行提取組織或細(xì)胞中的RNA。
Trizol作用原理：
在勻質(zhì)化或溶解樣品中，Trizol試劑可保持RNA的完整性，同時(shí)能破壞細(xì)胞及溶解細(xì)胞成分。加入氯仿離心后，裂解液分層成水相和有機(jī)相。RNA存在于水相中。
水相轉(zhuǎn)移后，RNA通過異丙醇沉淀回收。移去水相后，用乙醇可從中間相沉淀得到DNA，加入異丙醇沉淀可從有機(jī)相得到蛋白質(zhì)。
擴(kuò)展資料
與DNA不同，RNA一般為單鏈長(zhǎng)分子，不形成雙螺旋結(jié)構(gòu)，但是很多RNA也需要通過堿基配對(duì)原則形成一定的二級(jí)結(jié)構(gòu)乃至三級(jí)結(jié)構(gòu)來行使生物學(xué)功能。
RNA的堿基配對(duì)規(guī)則基本和DNA相同，不過除了A-U、G-C配對(duì)外，G-U也可以配對(duì)。
在細(xì)胞中，根據(jù)結(jié)構(gòu)功能的不同，RNA主要分三類，即tRNA（轉(zhuǎn)運(yùn)RNA）,rRNA（核糖體RNA）,mRNA（信使RNA）。mRNA是合成蛋白質(zhì)的模板，內(nèi)容按照細(xì)胞核中的DNA所轉(zhuǎn)錄；tRNA是mRNA上堿基序列（即遺傳密碼子）的識(shí)別者和氨基酸的轉(zhuǎn)運(yùn)者；rRNA是組成核糖體的組分，是蛋白質(zhì)合成的工作場(chǎng)所。
參考資料來源：百度百科-RNA
3.RNA的提取方法有哪些
通過變性劑破碎細(xì)胞或者組織，然后經(jīng)過氯仿等有機(jī)溶劑抽提RNA，再經(jīng)過沉淀，洗滌，晾干，最后溶解。
但是由于RNA酶無處不在，隨時(shí)可能將RNA降解，所以實(shí)驗(yàn)中有很多地方需要注意，稍有疏忽就會(huì)前功盡棄。 0 T3 z( F& _, D6 c% ^" h6 Y A6 _RNA提取的一般步驟 - O: Y+ x$ p# s8 U4 M9 S 所有RNA的提取過程中都有五個(gè)關(guān)鍵點(diǎn)，即：樣品細(xì)胞或組織的有效破碎；有效地使核蛋白復(fù)合體變性；對(duì)內(nèi)源RNA酶的有效抑制；有效地將RNA從DNA和蛋白混合物中分離；對(duì)于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質(zhì)的有效除去。
但其中最關(guān)鍵的是抑制RNA酶活性。RNA的提取目前階段主要可采用兩種途徑：提取總核酸，再用氯化鋰將RNA沉淀出來；直接在酸性條件下抽提，酸性下DNA與蛋白質(zhì)進(jìn)入有機(jī)相而RNA留在水相。
第一種提取方法將導(dǎo)致小分子量RNA的丟失，目前該方法的使用頻率已很低。（ O( g; ^+ K) f+ i& ]% P 實(shí)驗(yàn)步驟： * l& d6 s5 e( q1 F( g2 | j, ^0 s 破碎組織→分離RNA→沉淀RNA→洗滌RNA→融解RNA→保存RNA。
6 D8 }. Q; Y, g* X 1、破碎組織和滅活RNA酶可以同步進(jìn)行，可以用鹽酸胍、硫氰酸胍、NP-40、SDS、蛋白酶K等破碎組織，加入β-ME可以抑制RNA酶活性。 " s% f, `0 [1 d* m! ]0 e2、分離RNA一般用酚、氯仿等有機(jī)溶劑，加入少量異戊醇，經(jīng)過此步，離心，RNA一般分布于上層，與蛋白層分開。
& X. P) i) Y; L# u/ [3、沉淀RNA一般用乙醇、3M NaAc(pH-5.2)或異丙醇。2 @0 d& z7 ?+ i, g1 @ 4、洗滌RNA使用70%乙醇洗滌，有時(shí)，為避免RNA被洗掉，此步可以省掉，洗滌之后可以晾干或者烤干乙醇，但是不能過于干燥，否則不易溶解。
3 @% V" o9 v+ I1 J2 o9 k" z5、融解RNA一般使用TE。 ; L5 f. n6 }( S1 t% Z& J6、保存RNA應(yīng)該盡量低溫。
為了防止痕量RNase的污染，從富含RNase的樣品（如胰臟、肝臟）中分離到的RNA需要貯存在甲醛中以保存高質(zhì)量的RNA，對(duì)于長(zhǎng)期貯存更是如此。從大鼠肝臟中提取的RNA，在水中貯存一個(gè)星期就基本降解了，而從大鼠脾臟中提取的RNA，在水中保存3年仍保持穩(wěn)定。
另外，長(zhǎng)度大于4kb的轉(zhuǎn)錄本對(duì)于痕量RNase的降解比小轉(zhuǎn)錄本更敏感。為了增加貯存RNA樣品的穩(wěn)定性，可以將RNA溶解在去離子的甲酰胺中，存于-70℃。
用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的雜物。來源于胰臟的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。
當(dāng)準(zhǔn)備使用RNA時(shí)，可以使用下列方法沉淀RNA：加入NaAc至0.3M,12,000*g離心5分鐘。 & P3 [7 m* ^$ U$ _" ? : F" x u* N( ?( I氯化鋰法提取總RNA: " u; }' I! r' ^' ^& l 本方法用高濃度尿素變性蛋白并抑制RNA酶，用氯化鋰選擇沉淀RNA，其特別適合于從大量樣品中提取少量組織RNA，具有快速簡(jiǎn)潔的長(zhǎng)處，但也存在少量DNA的污染及RNA得率不高，小RNA片斷丟失的缺陷。
# ~* S: }9 `* r4 Z3 P 試驗(yàn)試劑： " d$ r6 Q+ _. I8 Q1、氯化鋰/尿素溶液【氯化鋰126g(3M) 尿素、360g(6M) 加水至1L，過濾滅菌】 7 _8 w1 t" o9 a' q! i4 Z2、懸浮液【10mM? Tris-HCL (pH7.6) ,1mM? EDTA (pH8,0) ,0.5%SDS】 ！ m8 Q4 R, ]& y: b# `7 d試驗(yàn)步驟：7 [6 ?$ `* }; o7 _ Z' { 1、對(duì)于大量組織或細(xì)胞，則每克組織或細(xì)胞加入5-10ml氯化鋰-尿素溶液，勻槳器高速勻槳2分鐘；對(duì)于少量細(xì)胞（107個(gè)細(xì)胞/ml），則每克組織或細(xì)胞加入0.5ml氯化鋰-尿素溶液手工勻槳，并轉(zhuǎn)移至Eppendof管中。& Y) b: E, Q" l/ ^ Q: \$ s 2、勻槳液在0-4℃放置4小時(shí)后，12000g離心30分鐘。
x- C6 D- N/ N0 K! t2 a 3、取沉淀，加入原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液，重復(fù)步驟2。 ) y- x) S0 K9 y6 j, e4、沉淀用原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液復(fù)溶后，加入等體積酚/氯仿/異戊醇在室溫放置15-30分鐘并不時(shí)搖動(dòng)混勻，4000g離心5分鐘。
3 d2 v' i1 ~( ~* D5、取上層水相，加1/10倍體積的3M乙酸鈉（pH5.2）及2倍體積的乙醇，-20℃放置1小時(shí)，5000g離心。 L4 a' Q4 u" l: a* K% Z$ ?( e6、70%乙醇洗沉淀一次。
真空干燥。3 }; r0 [/ Q' G9 q 7、RNA溶解液溶解沉淀，得RNA，分裝，于-70℃保存。
0 f. X% R( H% B7 g ! y7 j5 u$ C' |) [% ~! J3 D: Q蛋白酶-熱酚法6 |" ^0 b* [) P3 S* c4 b4 H4 l 本方法適合于病毒RNA的提取 * I( i+ b# r! K試驗(yàn)試劑： $ ？4 [7 H9 `) J1、蛋白酶K（終濃度50ug/ml）, J5 p l6 V/ t7 [/ I 2、2*緩沖液：1%SDS? 20mMTris-HCL (pH 7.6)? 0.2MnaCL9 h, p ] y+ \$ Z) O 試驗(yàn)步驟：# W3 v8 G1 [$ ]5 y 1、提純病毒液中加入等體積緩沖液、蛋白酶K,37℃40-50分鐘。 - K0 p/ E' G0 M# Q- z7 n, {# d2、加入等體積65℃預(yù)熱的酚溶液，輕徭，在65℃保溫5分鐘后再輕徭。
w! `; W( ~, E: i3 ^3、離心，取上清，氯仿抽提一次。， |（ Z0 d; j2 @7 m+ d2 Q& x H 4、取上層水相，加1/10倍體積的3M乙酸鈉（pH5.2）及2倍體積的乙醇，-20℃放置1小時(shí)，5000g離心（10000g,10min）。
7 [/ w, h2 d6 U$ k5、70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。
% A5 Y; {( w% ]3 a* y, O e) P6、RNA溶解液溶解沉淀，得RNA，分裝，于-70℃保存。植物RNA提取過程中難點(diǎn)的相應(yīng)對(duì)策 植物RNA提取過程中難點(diǎn)的相應(yīng)對(duì)策 ） o5 B7 d/ Q3 _酚類化合物的干擾及對(duì)策： 。
